同Windows Server 2008相比，Windows Server 2008 R2继续提升了虚拟化、系统管理弹性、网络存取方式，以及信息安全等领域的应用，其中有不少功能需搭配Windows 7。

微软推出内建在Windows Server 2008上的虚拟化平台Hyper-V 1.0，这个版本虽然具有基本虚拟化功能，但相较于其它虚拟化平台功能，相对薄弱许多，而这项功能则在Windows Server 2008 R2上的Hyper-V 2.0开始支持，让这项虚拟化平台的可用性迈进一大步。

Windows Server 2008 R2 重要新功能包含︰Hyper-V加入动态迁移功能;Hyper-V将以毫秒计算迁移时间。VMware公司的ESX或者其它管理程序相比，这是Hyper-V功能的一个强项。并强化PowerShell对各个服务器角色的管理指令。

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